Detección y tipificación de Tripanosomiasis en Caiman crocodilus fuscus (Babilla) y Crocodylus acutus (Cocodrilo americano) en Panamá mediante Secuenciación de Nueva Generación de ampliaciones de genes mitocondriales

Detectar y caracterizar a las especies de tripanosomas que parasitan a los individuos de Caiman crocodilus fuscus (Babilla) y Crocodylus acutus (Cocodrilo americano) de las poblaciones silvestres y en cautiverio en Panamá mediante la Secuenciación de Nueva Generación de ampliaciones de los genes SSU (subunidad pequeña) de rRNA y gGAPDH (Fosfatasa-deshidrogenasa de Gliceraldehido ribosomal)

Aunque se han reportado tres especies de tripanosoma en dos especies africanas de cocodrilos y en tres especies suramericanas de caimanes, no se han realizado estudios moleculares para la detección y tipificación de especies de tripanosomas que afecten a las otras especies Neotropicales del orden Crocodylia; tampoco se conocen las especies de tripanosomas que tienen como huésped a las especies panameñas de cocodrilos y caimanes (Crocodylus acutus y Caiman crocodilus fuscus). Además, las técnicas moleculares actualmente utilizadas, como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación de Sanger, son poco eficientes para la identificación a nivel de especie. En esta investigación partimos de la hipótesis de que si hay especies de tripanosomas afectando caimanes y cocodrilos de Panamá, estas especies de tripanosomas podrán identificarse mediante la técnica de PCR y la secuenciación de nueva generación de código de barras de ADN (“Next-generation DNA barcoding”).
La tripanosomiasis es una enfermedad causante de grandes pérdidas económicas en la cría de animales domésticos y silvestres. Las pérdidas son causadas por anemia, pérdida de condición corporal y enflaquecimiento progresivo e incluso la muerte del hospedero. Se desconoce el estado de la tripanosomiasis en cocodrilos y caimanes en Panamá. Nuestro estudio pretende estandarizar la técnica de Next-generation-DNA-barcoding para responder preguntas sobre: 1) niveles de diversidad de tripanosomas encontrados en cocodrilos y caimanes de Panamá; 2) niveles de infestación de los cocodrilos y caimanes con otras especies domesticas de tripanosoma; 3) determinar el patrón de distribución de especies de tripanosomas detectadas en Panamá.
La metodología a usar será la amplificación de los fragmentos de los genes ITS1 y ITS2 (segmentos espaciadores que se pueden transcribir), SSU rRNA (ácido ribonucleico ribosómico subunidad pequeña), gGAPDH (glyceraldehido-3-fosfato dehydrogenasa) y COI barcodes (Cytocromo Oxidasa Subunidad 1) mediante la reacción en cadena de la polimerasa y la posterior secuenciación de los amplicones mediante secuenciación de nueva generación, en un equipo MiSeq. Los análisis de taxonomía molecular se realizarán utilizando el programa Qiime 2 y las bases de datos de GenBank. Las colectas de muestras de sangre de cocodrilos y caimanes, y de garrapatas y pitos se realizaran en las provincias de Bocas del Toro, Veraguas, Azuero, Panamá oeste, Panamá, Colon y de Darién.
Los productos esperados en un periodo 24 meses son: 1) muestras de sangre de individuos de las especies Caiman crocodilus fuscus y Crocodylus acutus en las provincias de Bocas del Toro, Veraguas, Azuero, Panamá oeste, Panamá, Colon y Darién. 2) Metodología para la determinación molecular mediante secuenciación de nueva generación de especies de tripanosomas. 3) Evaluación del nivel de prevalencia de la tripanosomiasis en las poblaciones naturales y en cautiverio de las especies Caiman crocodilus fuscus y Crocodylus acutus en las provincias de Bocas del Toro, Veraguas, Azuero, Panamá oeste y Panamá, Colon y Darién. 4) Por lo menos un modelo de distribución de la o las especies de tripanosomas que parasitan a los Caiman crocodilus fuscus y Crocodylus acutus. 5) Un borrador de artículo científico.