Determinación de la estructura y diversidad de la microbiota intestinal de Caiman crocodilus, silvestre y en cautiverio.

Estructura y diversidad del microbioma intestinal de los Crocodylia neotropicales: efecto de factores ambientales que influyen en el microbioma.

Los primeros estudios sobre la composición de la comunidad de microorganismos de los crocodilidos provienen de los análisis microscópicos, por otro lado, tratar de cultivar en el laboratorio microorganismos, podría resultar en una tarea difícil y agotadora, debido a que muchas especies de microorganismos son difíciles de cultivar en medios artificiales. Estos tipos de caracterización tradicional proporcionan información útil, pero tiene ciertas limitaciones como, por ejemplo, que los resultados dependerán en gran medida de las habilidades del analista para reconocer los microorganismos. Los análisis mediante herramientas moleculares proporcionan un nuevo enfoque para la identificación taxonómica y funcional del microbioma en los intestinos de los crocodilidos, además los costos de estas herramientas moleculares están disminuyendo. Actualmente existen diversas bibliotecas de referencia de secuencias de ADN que, a pesar de encontrarse incompletas para algunos taxones, resultan ser una herramienta muy eficiente para identificar las especies microbianas y sus funciones. En esta investigación se caracterizará la estructura y la diversidad de los microorganismos intestinales de especies neotropicales del orden Crocodylia, silvestres y en cautiverio y, se determinarán los posibles efectos que tienen los factores ambientales sobre la distribución y abundancia de estos microorganismos. Además, se evaluará el estado de salud del hospedero, midiendo las condiciones corporales y valores hemáticos cómo: hematocrito, hemoglobina y recuento leucocitario. Se amplificará la región hipervariable V1-V4 del gen ARNr 16S, empleando la tecnología de secuenciación masiva de próxima generación (NGS) de Illumina. Para contribuir al desarrollo de líneas de investigación biotecnológicas que impacten de manera positiva en la salud, el equilibro de ecosistemas, la productividad en la agroindustria de los cocodrilos y caimanes y, disminuir el impacto ambiental de las granjas. Por otro lado, esta investigación generará información que ayudará a comprender la evolución de la relación hospedador-microorganismos-medio ambiente y su influencia en la especiación e historia evolutiva de otros grupos taxonómicos